Transféré au Réal Madrid au cours du mercato estival 2006 au terme d'une longue négociation avec Jean-Michel Aulas, Mahamadou Diarra pourrait une nouvelle fois changer de club. En effet et malgré un début de saison tout à fait correct, le milieu de terrain défensif Malien est en conflit ouvert avec son entraîneur, depuis la diffusion de la vidéo par la Télévision Espagnole, au sein de laquelle l'ancien Lyonnais critique les choix de celui-ci.

C'est pourquoi, les dirigeants de l'Inter Milan sont entrés en contact avec ceux du Réal Madrid, afin d'envisager un transfert seulement 6 mois après son arrivée à Madrid.